當前企業在進行兼并重組的過程中，可能涉及到國家諸多稅種，包括企業所得稅、個人所得稅、增值稅、營業稅、土地增值稅、契稅、印花稅等。與企業所得稅相比，企業重組涉及的其他稅種複雜程度相對較低，故企業所得稅被認為是企業重組的核心稅種。本文重點闡述兼并重組中的企業所得稅處理。
2008年企業所得稅法實施後，財政部、國家稅務總局先後出台《關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59 號，以下簡稱「59 號文件」）和《企業重組業務企業所得稅管理辦法》（2010 年國家稅務總局第4 號公告，以下簡稱「4 號公告」。59 號文件和4號公告以及其他相關文件, 共同構成了我國現行企業重組企業所得稅政策體系。
59號文件和4號公告借鑒了企業重組稅收政策和征管模式的國際經驗（如美國稅法中商業目的、持續經營以及股東利益持續等要求），初步規範和建立了企業兼并重組過程適用的企業所得稅法規體系，特別體現在對符合特定要求的兼并重組適用特殊性稅務處理（以下簡稱「特殊重組」）。
符合此稅務處理的條件是： 兼并重組具有合理商業目的，經營期限限制（重組後12個月內不改變原實質性經營活動），持股期限限制（重組後連續12個月不得轉讓），標的資產、股權比例 要求（佔總體資產股權不少於75%），股權支付限制（股權支付不低於85%）。但特殊重組並不是永久免稅，而是稅法特別許可的納稅遞延，體現了稅收不妨礙 企業正常重組業務的中性原則，因為企業在特殊重組中通常沒有或僅有很少現金收入，若是強行要求相關方企業均按一般重組繳稅，則明顯會給相關企業帶來現金流 壓力，從而妨礙企業從商業需要出發開展重組業務，最終導致全社會經濟效率損失。雖然上述文件體系明確了適用特殊重組的情形條件，但後續有關的說明、解讀和 釋例仍有待完善。
另外值得一提的是，在西方發達國家稅法中，通常將所得區分為一般所得和資本利得，一般所得適用一般稅率，而對於長期積累形成的資本利得適用較低稅率分別徵稅，而中國所得稅法未加以區分，故未能享受特殊重組待遇的重組行為從某種意義上說將承擔更重稅負。
2009年12月10日，國家稅務總局發佈《關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》 (國稅函〔2009〕698號，以下簡稱「698號文件」)。698號文件第五條規定，境外投資方（實際控制方）間接轉讓中國居民企業股權，如果被轉讓的境外控股公司所在國（地區）實際稅負低於12.5%或者對其居民境外所得不征所得稅的， 應自股權轉讓合同簽訂之日起30日內，向被轉讓股權的中國居民企業所在地主管稅務機關提供股權轉讓合同或協議等資料；第六條規定，「境外投資方(實際控制 方) 通過濫用組織形式等安排間接轉讓中國居民企業股權, 且不具有合理的商業目的, 規避企業所得稅納稅義務的, 主管稅務機關層報稅務總局審核後可以按照經濟實質對該股權轉讓交易重新定性, 否定被用作稅收安排的境外控股公司的存在」。
698號文件對跨境重組的稅務處理有直接影響。698 號文件重申了中國稅務機關可視情執行一般反避稅原則來否定境外中間控股公司存在的權力，即意味着在非居民企業通過轉讓中間控股公司股權（另一非居民企業） 從而間接轉讓中國居民公司股權的情形下，如果中間控股公司缺乏在當地的商業實質，則可能被認定為是通過「濫用組織形式」來「規避企業所得稅納稅義務」，最 終該股權轉讓會被視為非居民企業直接轉讓中國居民企業股份而負有繳納企業所得稅的義務。從全國多個執行案例可以看出，只要主管稅務機關認定被轉讓的中間控 股公司在其註冊成立地無商業實質(即沒有或極少當地資產、當地僱員和當地繳稅），通常稅務機關就要求轉讓方企業就股權轉讓收益繳納企業所得稅。
另值得一提的是，698號文件一定程度上可以視為完善股權轉讓來源地規則的補充規定，以堵塞非居民企業間接轉讓居民企業股權稅收征管漏洞。但由於59號文件特殊重組對非居民企業的規定相對狹窄，直接導致同一控制下的跨境集團內部重組即使沒有任何現金流收入也必須適用698號文件作為企業所得稅處理的依據，作為股權轉讓方的非居民企業必須就股權轉讓產生的評估收益繳稅。
為了進一步完善上述文件，2014年3月7日，國務院發佈了《關於進一步優化企業兼并重組市場環境的意見》（國發〔2014〕14號，以下簡稱「14號文件」）。14號文件針對當前企業兼并重組過程中的諸多障礙和難題，如審批多、融資難、稅負重、服務體系不健全、機制不完善等提出了多項解決措施，包括落實完善有關企業兼并重組的稅收政策的意見，如「修訂完善兼并重組企業所得稅特殊性稅務處理的政策，降低收購股權（資產）占被收購企業全部股權（資產）的比例限制，擴大特殊性稅務處理政策的適用範圍。」預計2014年底前財稅部門將完成對有關文件的修訂，發佈新規則，進一步放寬適用特殊性稅務處理政策的情形條件。
很多企業集團基於產業整合、上市、地域布局調整等商業目的, 需要在集團內部進行重組交易；某些企業集團在重組規劃中完全忽略59號文件及698號文件所構成的新稅收法規體系，依舊照搬《關於外商投資企業和外國企業轉讓股權所得稅處理問題的通知》（國稅函[1997]207號，已全文失效）固定思維，認為只要不產生股權轉讓收益或損失，集團內重組行為就不發生納稅義務。
結果，股權重組相關方完成工商登記後，在辦理稅務登記時被稅務機關發現而要求補繳稅款；此種情況下，即使企業同意繳稅，往往還會與稅務機關在股權轉讓價格確認上發生爭執，企業認為應是資產負債表反映的凈資產，而稅務機關傾向於通過股權評估的辦法來確定（特別是採用收益法），這就往往大幅提高視同股權轉讓價格，負面影響企業現金流。
除補繳稅款後果外，對於完全發生在國內的股權重組行為和非居民企業直接轉讓境內企業股權的，如未及時繳納企業所得稅，稅務機關可加收滯納金；對於非居民企業 間接轉讓境內企業股權的，由於轉讓行為是否屬避稅行為需層報總局審核確定，因此在主管稅務機關繳納稅款通知書下達前，通常不會被加收滯納金。
通常而言，兼并重組業務的稅務處理對於基層主管稅務機關不是一項常規稅務業務，在缺少可操作的指導性意見、判斷標準和參照示例情況下，容易產生執行的地域 性差別。例如：如何判斷企業重組是否具有「合理的商業目的」，因為能夠適用特殊性重組必須是「具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主 要目的」；由於缺乏更加具體的、可操作性的規定以及參考案例，導致各地稅務機關在個案中更多依賴經辦稅務人員判斷甄別能力。事實上，對於非居民企業實施股 權收購，可能不僅僅出於稅收上考慮，還可能出於投資環境、外匯管制、項目審批和營運靈活性等多方面綜合考慮，這就需要全面考察企業重組各方面因素。
當前，國家稅務總局政策法規司公開徵求《一般反避稅管理規程（試行）》的社會公眾意見（要求截止2014年8月1日前回復），其中第四條描述避稅安排的主要特徵是：（一）以獲取稅收利益為唯一目的、主要目的或主要目的之一；（二）安排的形式符合稅法規定，但與其經濟實質不符。對避稅安排的特徵描述分彆強調安排目的和交易實質兩個重點，具有較好的邏輯性和合理性，這個定義完全可以作為「合理商業目的」的反向定義，即不具備避稅安排的這兩個特徵即具有「合理商業目的」。
（一）提升盡職調查質量，及早發現稅務問題
根據《中華人民共和國公司法》第175條和《企業會計準則第2號———長期股權投資》的規定，被合併企業應盡而未盡的納稅義務和承擔的債務，在合併之後，由於承繼關係的存在，合併後的企業就會面臨承擔合併前企業債務（包括欠稅或可能的偷逃稅）的風險。在長期股權投資應採用權益法核算下，如果併購前的目標企業未履行其應盡的納稅義務，併購後再履行的話，顯然會負面影響併購後企業的損益。因此需要加強對重組交易稅務風險的識別、評估和應對，全面提升盡職調查質量。
應當在全面了解被兼并企業的信息基礎上，對被兼并企業稅務合規性進行詳細調查。首先，全面收集目標企業所處行業、運營模式和交易對手信息，對其財務狀況進行全面複核。在賬證相符、賬實相符基礎上查核目標公司否存在應計未計費用、應提未提折舊、應攤未攤資產等虛增損益的情況；其次，專項核查企業經營活動中的稅務風險，在合理稅收風險管理流程基礎上，重點交叉比對交易合同、納稅申報表、稅收繳款書等相關的信息，察覺是否存在欠繳稅款、偷逃稅或不適當享受稅收優惠等不合規情形，形成目標企業稅收風險控制和納稅義務履行全面評估報告。
（二）在規劃股權架構時重視合理商業實質，防範未來的反避稅調查
合理規範的稅收規劃可以最大程度降低交易前後的現金流，節約重組的稅收成本，提高併購競爭力和併購效益。但是，稅務機關在處理重組事項時，越來越關注相關方企業重組交易是否以逃避應繳稅收作為交易的唯一或主要目的。
因此, 在規劃重組安排時，必須充分考慮如何合理安排企業的商業實質。雖然目前找不到商業實質達到何種程度即為安全港的明確規定，但在實踐中必須充分認識到以OECD為代表的國際社會致力於反對稅基侵蝕和利潤轉移（BEPS）的大氣候，重新審視和確定所有相關經濟實體的經濟實質，以有效控制和降低未來稅務風險。
（三）與稅務機關保持良好溝通，不斷增長稅務管理能力
如 果看起來很完美的重組規劃不被主管稅務機關認可，不能適用特殊重組規定，這個規劃就會變得沒有任何意義。考慮到各地稅務機關理解和執行重組法規的差異性， 重組相關方需要與主管稅務機關保持良好的溝通，充分知曉稅務機關的關注點和傾向性，同時也包括糾正稅務機關某些人員對重組法規的理解偏差。此外，應當知曉 稅務機關征管能力通過國內外稅務管理部門經驗交流、政府各部門加強合作機制建設、金稅三期系統升級推廣等措施呈現持續提升態勢，絕不能以一成不變的想當然 態度看待。
綜上所述，較為成功的兼并重組中的稅務風險管理應當是：充分領會法規精神和掌握執行動態，合理規劃未來股權架構和商業實質安排，並與稅務機關保持良好的溝通。而缺乏有效稅務風險管理的兼并重組有可能被稅務機關追溯調整，面臨加收滯納金等處罰，最終傷害了企業的商業信譽。考慮到兼并重組涉及到法律、財會、管理等眾多專業，規劃與實施專業性較強，最好聘請專業權威人士進行處理。
