当前企业在进行兼并重组的过程中，可能涉及到国家诸多税种，包括企业所得税、个人所得税、增值税、营业税、土地增值税、契税、印花税等。与企业所得税相比，企业重组涉及的其他税种复杂程度相对较低，故企业所得税被认为是企业重组的核心税种。本文重点阐述兼并重组中的企业所得税处理。
2008年企业所得税法实施后，财政部、国家税务总局先后出台《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59 号，以下简称“59 号文件”）和《企业重组业务企业所得税管理办法》（2010 年国家税务总局第4 号公告，以下简称“4 号公告”。59 号文件和4号公告以及其他相关文件, 共同构成了我国现行企业重组企业所得税政策体系。
59号文件和4号公告借鉴了企业重组税收政策和征管模式的国际经验（如美国税法中商业目的、持续经营以及股东利益持续等要求），初步规范和建立了企业兼并重组过程适用的企业所得税法规体系，特别体现在对符合特定要求的兼并重组适用特殊性税务处理（以下简称“特殊重组”）。
符合此税务处理的条件是： 兼并重组具有合理商业目的，经营期限限制（重组后12个月内不改变原实质性经营活动），持股期限限制（重组后连续12个月不得转让），标的资产、股权比例 要求（占总体资产股权不少于75%），股权支付限制（股权支付不低于85%）。但特殊重组并不是永久免税，而是税法特别许可的纳税递延，体现了税收不妨碍 企业正常重组业务的中性原则，因为企业在特殊重组中通常没有或仅有很少现金收入，若是强行要求相关方企业均按一般重组缴税，则明显会给相关企业带来现金流 压力，从而妨碍企业从商业需要出发开展重组业务，最终导致全社会经济效率损失。虽然上述文件体系明确了适用特殊重组的情形条件，但后续有关的说明、解读和 释例仍有待完善。
另外值得一提的是，在西方发达国家税法中，通常将所得区分为一般所得和资本利得，一般所得适用一般税率，而对于长期积累形成的资本利得适用较低税率分别征税，而中国所得税法未加以区分，故未能享受特殊重组待遇的重组行为从某种意义上说将承担更重税负。
2009年12月10日，国家税务总局发布《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》 (国税函〔2009〕698号，以下简称“698号文件”)。698号文件第五条规定，境外投资方（实际控制方）间接转让中国居民企业股权，如果被转让的境外控股公司所在国（地区）实际税负低于12.5%或者对其居民境外所得不征所得税的， 应自股权转让合同签订之日起30日内，向被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供股权转让合同或协议等资料；第六条规定，“境外投资方(实际控制 方) 通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权, 且不具有合理的商业目的, 规避企业所得税纳税义务的, 主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性, 否定被用作税收安排的境外控股公司的存在”。
698号文件对跨境重组的税务处理有直接影响。698 号文件重申了中国税务机关可视情执行一般反避税原则来否定境外中间控股公司存在的权力，即意味着在非居民企业通过转让中间控股公司股权（另一非居民企业） 从而间接转让中国居民公司股权的情形下，如果中间控股公司缺乏在当地的商业实质，则可能被认定为是通过“滥用组织形式”来“规避企业所得税纳税义务”，最 终该股权转让会被视为非居民企业直接转让中国居民企业股份而负有缴纳企业所得税的义务。从全国多个执行案例可以看出，只要主管税务机关认定被转让的中间控 股公司在其注册成立地无商业实质(即没有或极少当地资产、当地雇员和当地缴税），通常税务机关就要求转让方企业就股权转让收益缴纳企业所得税。
另值得一提的是，698号文件一定程度上可以视为完善股权转让来源地规则的补充规定，以堵塞非居民企业间接转让居民企业股权税收征管漏洞。但由于59号文件特殊重组对非居民企业的规定相对狭窄，直接导致同一控制下的跨境集团内部重组即使没有任何现金流收入也必须适用698号文件作为企业所得税处理的依据，作为股权转让方的非居民企业必须就股权转让产生的评估收益缴税。
为了进一步完善上述文件，2014年3月7日，国务院发布了《关于进一步优化企业兼并重组市场环境的意见》（国发〔2014〕14号，以下简称“14号文件”）。14号文件针对当前企业兼并重组过程中的诸多障碍和难题，如审批多、融资难、税负重、服务体系不健全、机制不完善等提出了多项解决措施，包括落实完善有关企业兼并重组的税收政策的意见，如“修订完善兼并重组企业所得税特殊性税务处理的政策，降低收购股权（资产）占被收购企业全部股权（资产）的比例限制，扩大特殊性税务处理政策的适用范围。”预计2014年底前财税部门将完成对有关文件的修订，发布新规则，进一步放宽适用特殊性税务处理政策的情形条件。
很多企业集团基于产业整合、上市、地域布局调整等商业目的, 需要在集团内部进行重组交易；某些企业集团在重组规划中完全忽略59号文件及698号文件所构成的新税收法规体系，依旧照搬《关于外商投资企业和外国企业转让股权所得税处理问题的通知》（国税函[1997]207号，已全文失效）固定思维，认为只要不产生股权转让收益或损失，集团内重组行为就不发生纳税义务。
结果，股权重组相关方完成工商登记后，在办理税务登记时被税务机关发现而要求补缴税款；此种情况下，即使企业同意缴税，往往还会与税务机关在股权转让价格确认上发生争执，企业认为应是资产负债表反映的净资产，而税务机关倾向于通过股权评估的办法来确定（特别是采用收益法），这就往往大幅提高视同股权转让价格，负面影响企业现金流。
除补缴税款后果外，对于完全发生在国内的股权重组行为和非居民企业直接转让境内企业股权的，如未及时缴纳企业所得税，税务机关可加收滞纳金；对于非居民企业 间接转让境内企业股权的，由于转让行为是否属避税行为需层报总局审核确定，因此在主管税务机关缴纳税款通知书下达前，通常不会被加收滞纳金。
通常而言，兼并重组业务的税务处理对于基层主管税务机关不是一项常规税务业务，在缺少可操作的指导性意见、判断标准和参照示例情况下，容易产生执行的地域 性差别。例如：如何判断企业重组是否具有“合理的商业目的”，因为能够适用特殊性重组必须是“具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主 要目的”；由于缺乏更加具体的、可操作性的规定以及参考案例，导致各地税务机关在个案中更多依赖经办税务人员判断甄别能力。事实上，对于非居民企业实施股 权收购，可能不仅仅出于税收上考虑，还可能出于投资环境、外汇管制、项目审批和营运灵活性等多方面综合考虑，这就需要全面考察企业重组各方面因素。
当前，国家税务总局政策法规司公开征求《一般反避税管理规程（试行）》的社会公众意见（要求截止2014年8月1日前回复），其中第四条描述避税安排的主要特征是：（一）以获取税收利益为唯一目的、主要目的或主要目的之一；（二）安排的形式符合税法规定，但与其经济实质不符。对避税安排的特征描述分别强调安排目的和交易实质两个重点，具有较好的逻辑性和合理性，这个定义完全可以作为“合理商业目的”的反向定义，即不具备避税安排的这两个特征即具有“合理商业目的”。
（一）提升尽职调查质量，及早发现税务问题
根据《中华人民共和国公司法》第175条和《企业会计准则第2号———长期股权投资》的规定，被合并企业应尽而未尽的纳税义务和承担的债务，在合并之后，由于承继关系的存在，合并后的企业就会面临承担合并前企业债务（包括欠税或可能的偷逃税）的风险。在长期股权投资应采用权益法核算下，如果并购前的目标企业未履行其应尽的纳税义务，并购后再履行的话，显然会负面影响并购后企业的损益。因此需要加强对重组交易税务风险的识别、评估和应对，全面提升尽职调查质量。
应当在全面了解被兼并企业的信息基础上，对被兼并企业税务合规性进行详细调查。首先，全面收集目标企业所处行业、运营模式和交易对手信息，对其财务状况进行全面复核。在账证相符、账实相符基础上查核目标公司否存在应计未计费用、应提未提折旧、应摊未摊资产等虚增损益的情况；其次，专项核查企业经营活动中的税务风险，在合理税收风险管理流程基础上，重点交叉比对交易合同、纳税申报表、税收缴款书等相关的信息，察觉是否存在欠缴税款、偷逃税或不适当享受税收优惠等不合规情形，形成目标企业税收风险控制和纳税义务履行全面评估报告。
（二）在规划股权架构时重视合理商业实质，防范未来的反避税调查
合理规范的税收规划可以最大程度降低交易前后的现金流，节约重组的税收成本，提高并购竞争力和并购效益。但是，税务机关在处理重组事项时，越来越关注相关方企业重组交易是否以逃避应缴税收作为交易的唯一或主要目的。
因此, 在规划重组安排时，必须充分考虑如何合理安排企业的商业实质。虽然目前找不到商业实质达到何种程度即为安全港的明确规定，但在实践中必须充分认识到以OECD为代表的国际社会致力于反对税基侵蚀和利润转移（BEPS）的大气候，重新审视和确定所有相关经济实体的经济实质，以有效控制和降低未来税务风险。
（三）与税务机关保持良好沟通，不断增长税务管理能力
如 果看起来很完美的重组规划不被主管税务机关认可，不能适用特殊重组规定，这个规划就会变得没有任何意义。考虑到各地税务机关理解和执行重组法规的差异性， 重组相关方需要与主管税务机关保持良好的沟通，充分知晓税务机关的关注点和倾向性，同时也包括纠正税务机关某些人员对重组法规的理解偏差。此外，应当知晓 税务机关征管能力通过国内外税务管理部门经验交流、政府各部门加强合作机制建设、金税三期系统升级推广等措施呈现持续提升态势，绝不能以一成不变的想当然 态度看待。
综上所述，较为成功的兼并重组中的税务风险管理应当是：充分领会法规精神和掌握执行动态，合理规划未来股权架构和商业实质安排，并与税务机关保持良好的沟通。而缺乏有效税务风险管理的兼并重组有可能被税务机关追溯调整，面临加收滞纳金等处罚，最终伤害了企业的商业信誉。考虑到兼并重组涉及到法律、财会、管理等众多专业，规划与实施专业性较强，最好聘请专业权威人士进行处理。
